關於台灣原住民的由來，如果要回溯得更早遠一點，有部份學者認為所有台灣原住民，都在台灣經歷過石器時代，也許這是不確實的，我們只能想像他們或許有一部份是從石器時代發展而來的。另一部份學者則認為台灣文化史的研究，與其他東南亞地區相同，可應用民族學和考古的方法來探索。
可是關於台灣原住民的淵源，至今迄無定論。一般學 者都抱著一個假說，他們是由南方島嶼移殖而來。若依據 凌純聲教授「南洋土著與中國古代百越民族」一文，南洋 的原住民和南方的中國人有著親密的系裔關係。這裏所謂南洋，係指較廣義的南洋，包括菲律賓、婆羅州、西里伯斯、摩洛加、帝汶、爪哇、蘇門答臘諸島、馬來半島、中 南半島以及馬達加斯加島的一部份。
這個區域內的原住民在體質人類學上大致可分為吠陀 群(Veddoid)、小黑人群(Negridoi)、古蒙古系 (Palaeo．Mongoloid)及馬來系(Malaysian)。
吠陀系的種族如麻六甲的Senoi､Sakai；蘇門答臘的 Poklo Ludu､Ulu；西里伯斯的Toala､Tomna;婆羅洲的Ulu 等均屬之。小黑人群在南洋群島的一支稱為小黑人 (Negritos)，馬來半鳥的Semang､安達曼的Min-Kopis､菲 律賓的Aeta等都屬之。古蒙古系分佈於中國西南以迄整個 中南半島，例如安南的Mois等屬之馬來系可以分為原馬來人(Proto-Malaysian（又稱印度尼西安Indonesian或舊馬來）與馬來人（又稱新馬來）。印度尼西安是先馬來人與小黑人及吠陀人的混血，今日麻六甲的Jakun､蘇門答臘的Battak､婆羅洲的Dyak､西里伯斯的Ponko､菲島的 Ifugao､Igorot和台灣的排灣Paiwan等諸族均屬之，新馬來人是舊馬來人與德拉維甸人(Dravidian) 的混血，馬來人､爪哇人､島人以及菲島的Moros､Tinguian等屬之。
民族學家巴斯田Bastian研究的結果，認為今日菲律賓､台灣､東印度群島､阿薩姆及中南半島等地仍保持著諸如嚼檳榔､祭獻犧牲､織彩棉布､戴梳､紋身､獨柄風箱､竹弓､獵頭､人祭､少女房....等共同文化。這許多文化特質所組成的東南亞古文化並非只見於束南亞的半島和島嶼，在中國大陸上古，代百越民族的遺民中也可以見到。
學者們分析此一東南亞古文化特質的結果，認為可以 證明池們可能起源於大陸長江中游一帶，而後自此傳入今天的南洋群島。因此，今日台灣的原住民不但與中國古代百越系出同源，而且也是從南中國遷徙來日的。
「台灣」是個四面環海的島嶼國家，在世界地圖上，有時渺小的人忘了它的存在。總面積約為三萬六千平萬方公里，島內三分之二面積屬於山的國度，其中三千公尺以上且有名的高山，多達133
餘座，河川數量更是多得驚人共計有151
條。因地理位置特殊，又屬海洋性亞熱帶氣候區，具備熱、溫、寒三種氣候特質，其中所孕育的自然生態景觀類型特別豐富奇特，其次複雜之地形與起伏陡峭之山岳，亦可提供野生動物最佳之棲息場所與生存空間，並因海水阻隔造就了台灣有多種特有種與特有亞種野生動物之現象，山林中所涵養植物種類特別豐富。難怪最早的航海家葡萄牙人高呼讚嘆：「福爾摩莎！美麗島。」台灣可說是名符其實的山林海河的國度。
台灣被學界公認為是研究人與自然環境對應關係最重要的實驗室，是人文與自然生態世界寶藏外﹗最令人驚訝及不可思議的是，近來國際學術界，已幾乎可以確定，台灣是整個南島語系民族發源地，台灣的原住民族都屬於南島民族。這個大語族現今遍佈整個太平洋及印度洋，包括馬達加斯加島、印尼、菲律賓、馬來西亞、台灣、新幾內亞、紐西蘭、夏威夷、密克羅尼西亞、美拉尼西亞、玻理尼西亞等各地島嶼的語言。
此外，中南半島上越南與高棉的占婆語，泰緬地區的英肯語。與世界上其他語族相比，南島語族的數目大約有九百多種，其總人口約為二億人，僅次於英語、華語，而南島民族也是現今世界上分佈地域最廣的民族，其跨越領域，東西延伸距離，超越地球圓周的一半，南島民族廣達的遷徒，尤其對海洋的征服，一向被學界認為是人類文明的偉大成就。
現今從考古學，文化人類學、語言學的研究比較，可以推測台灣原住民至少在六千年前就活耀在台灣這片土地上，然後逐次從台灣地區向南、向東、向西擴散遷徙，其當時勢力，無遠弗屆，因而，當「南島民族」被稱為世界最偉大的航海民族時，當時漢人所尊稱為始祖的軒轅黃帝」，都還沒有站上歷史的檯面。
遺憾的是，南島語系在其他國家是強勢語言，甚至是國語，然而它的祖居地卻淪為被統治著的少數民族悲慘的命運，其中是否有有歷史的必然？亦或歷史的偶然？這是一個值得深思與探究的課題！
